お待たせしました。回答です。

時間の流れで説明しますと、
１月１９日にJR姫路駅みどりの窓口で姫路⇔神戸駅の回数券を１１枚購入しました。
その日は、神戸駅の用でしたので、そのまま２枚使用しました。

次に、１月２５日に今度は、県庁へ行くので元町まで乗りたかったので、１１：３０ころ　姫路駅南中央口で姫路⇔神戸の回数券で入場するときに、改札駅員に、元町までこのチケットでいけるかどうかの確認の質問しました。

駅員が改札口で２名いましたが、「できません。神戸から元町までの料金を支払ってください。このチケットは、姫路駅と神戸駅の回数券ですから！」と言われました。
「姫路から同じ料金区間なのに、それはちょっと納得できない」と言いましたが、「規則ですから」と両者から言われ、上司への相談などそれ以上の対応はされませんでした。時間もなかったので、とりあえず、そのまま入場しました。

１２：３０ころ、元町駅にて
そのまま改札機に入れると、やはり、エラーで通過できずに、駅員のところへ行きました。

事情を説明し、同じ料金であれば、常識として、一番遠い駅の回数券を購入することと、「９５０円区間のつもりで姫路⇔神戸区間の回数券を購入したのだ。」と駅員に話すると、ちょっとお待ち下さいと、上司に相談に行きました。
そして、しばらくして、「分かりました。発券ミスとして処理しますのでそのままお通りください。残った回数券は、交換するように姫路駅に連絡しておきます。また、帰りのときは、駅員まで直接尋ねてもらえれば、入場できるようにします。」との答えでした。

そのとおり、当日の１４：３０こと元町駅では、駅員が私の神戸⇔姫路の回数券にサインと印を押して、入場させてくれ、姫路駅では、駅員のいる改札口から通過することができました。

あと、残った回数券は、緑の窓口でスムーズに交換できました。（連絡が入っていたようです）

昔と違って、大分対応が違ってきたように思います。朝の姫路駅では気がわるかったですが、元町駅での対応は、大変よかったです。

姫路駅で入場する時に、その対応ができていればよかったのになぁと感じた次第です。

状況ご理解いただけましたでしょうか？